Usagi Tsukino continua con su conflicto de balancear su vida hogareña y los deberes de ser una Sailor Moon, el guardián del amor y la justicia. Junto con los otros Sailor Guardians y su novio Mamoru Chiba, comienzan investigando casos de estudiantes de la Academia Mugen, una escuela para los mejores estudiantes de élite, que han sido transformados en monstruos. Durante la investigación, ellos conocen tres extraños individuos: Haruka Tenou, un hermoso piloto de carreras; Michiru Kaiou, una talentosa violinista; y Hotaru Tomoe, una misteriosa chica con una constitución débil. Mientras mas incidentes ocurren, los Sailor Guardians se encuentran con otra sorpresa, la aparición de dos nuevos protectores planetarios con motivos propios. A pesar de la cuestionable lealtad de los recién llegados hacia Usagi y a sus compañeros, ellos enfrentan una amenaza de un enemigo común: una malvada entidad que se hace llamar a si misma Pharaoh 90.